Środowiskowe Laboratorium Ultrawirowania Analitycznego

 

Ultrawirówka analityczna wyposażona w trzy systemy detekcji:templates/nanofun/photo/Laboratoria/NanoFun_BiofizykaUW_028_scal.jpg

  • Absorpcja – w zakresie UV-VIS (190-800 nm)
  • Rozproszenie – 660 nm, dla próbek nie wykazujących absorpcji lub absorbujących zbyt mocno
  • Fluorescencja – 488 nm wzbudzenie, 505 nm obserwacja

Trzecia ultrawirówka analityczna w Polsce, pierwsza z detekcja fluorescencyjną

 

 

Badania właściwości hydrodynamicznych i termodynamicznych makromolekuł w roztworze w wybranym środowisku:templates/nanofun/photo/Laboratoria/NanoFun_BiofizykaUW_086_scal.jpg

  • Masa
  • Kształt
  • Oddziaływania międzycząsteczkowe
    Białko-białko
    Białko-DNA
    Białko-ligand (jeśli ligand odpowiednio masywny)
  • Agregacja
     

Dwa typy eksperymentów:

  • Szybkość sedymentacji – trwają rzędu kilku godzin (tym dłużej im mniejszy obiekt wirujemy)
  • Równowaga sedymentacji – do kilku dnitemplates/nanofun/photo/Laboratoria/NanoFun_BiofizykaUW_067_scal.jpgtemplates/nanofun/photo/Laboratoria/NanoFun_BiofizykaUW_038_scal.jpg

Możliwa temperatura w zakresie 0-35 stopni C


Wymagane objętości 

  • Szybkość sedymentacji 
    – 0.45 ml w kuwetach o drodze optycznej 1.2 cm
    – 0.12 ml w kuwetach o drodze optycznej 0.3 cm
  • Równowaga sedymentacji 
    – 0.12 ml kuwetach o drodze optycznej 1.2 cm

 

Wymagane stężenia

  • Absorpcja – w zakresie 0.1 – 3 A przy wybranej drodze optycznej (0.3 cm lub 1.2 cm)(do 3 A lub mniejszych absorbancji, jeśli poniżej 3 A przestaje być spełnione prawo Lamberta-Bera)
  • Rozproszenie – dla stężonych próbek nie wykazujących absorpcji w UV/VIS (do 4-5 mg/ml) lub absorbujących powyżej 3 A
  • Fluorescencja – jak w standardowym eksperymencie, przy drodze optycznej 1.2 cm


Publikacje, które ukazały się w oparciu o wyniki uzyskane w Laboratorium Ultrawirowania Analitycznego:

  1. Hou S, Trochimczyk P, Sun L, Wisniewska A, Kalwarczyk T, Zhang X, Wielgus-Kutrowska B, Bzowska A, Holyst R., How can macromolecular crowding inhibit biological reactions? The enhanced formation of DNA nanoparticles. Sci Rep. 2016. link
  2. B. Bertosa, G. Mikleusevic, B. Wielgus-Kutrowska, M. Narczyk, M. Hajnic, I. Leščić Ašler, S. Tomić, M. Luić, A. Bzowska, Homooligomerization is needed for stability: a molecular modelling and solution study of E. coli purine nucleoside phosphorylase. FEBS J, 2014. link
  3. Anna Modrak-Wójcik, Michał Górka, Katarzyna Niedźwiecka, Konrad Zdanowski, Joanna Żuberek, Anna Niedźwiecka and Ryszard Stolarski, Eukaryotic translation initiation is controlled by cooperativity effects within ternary complexes of 4E-BP1, eIF4E, and the mRNA 5′ cap, FEBS Letters, 2013. link

 

Prace magisterskie i licencjackie powstałe z wykorzystaniem sprzętu zakupionego w ramach projektu NanoFun:

1. Gabriela Golba, praca licencjacka (obroniona w czerwcu 2013 r.) - "Badanie mechanizmu agregacji zielono fluoryzującego białka GFP". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Beaty Wielgus-Kutrowskiej.

2. Justyna Kosińska, praca licencjacka (obroniona w czerwcu 2014 r.) – "Uzyskanie i określenie własności spektroskopowych wybranego mutanta zielono fluoryzującego białka GFP". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Beaty Wielgus-Kutrowskiej.

3. Anna Szymaniec, praca licencjacka (obroniona w czerwcu 2014 r.) – "Spektroskopowe badania agregacji wybranego mutanta zielono fluoryzującego białka GFP". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Beaty Wielgus-Kutrowskiej.

4. Małgorzata Piątkowska, praca magisterska (obroniona w marcu 2013 r.) – "Znaczenie możliwości utworzenia funkcjonalnego chromofora dla wydajności zwijania mutantów białka GFP". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Beaty Wielgus-Kutrowskiej.

5. Agata Malinowska, praca licencjacka (obroniona w lipcu 2013 r.) – "Charakterystyka stanu oligomeryzacji, struktury dwurzędowej oraz właściwości spektroskopowych (fluorescencja, rozpraszanie światła) cielęcej fosforylazy nukleozydów purynowych w trakcie inaktywacji białka". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr hab. Agnieszki Bzowskiej.

6. Kinga Szpak, praca licencjacka (obroniona w grudniu 2013 r.) – "Spektroskopowe badania oddziaływania czynnika inicjacji translacji z inhibitorowym białkiem 4EBP oraz wybranym analogiem kapu". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Anny Modrak-Wójcik.




Kontakt:

Agnieszka Bzowska, abzowska@biogeo.uw.edu.pl, tel. 22 554 0789
Anna Modrak-Wójcik, ankam@biogeo.uw.edu.pl, tel. 22 554 0779
Beata Wielgus-Kutrowska, beata@biogeo.uw.edu.pl, tel. 22 554 0789

Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, Uniwersytet Warszawski
Żwirki i Wigury 93
02-089 Warszawa