Środowiskowe Laboratorium Ultrawirowania Analitycznego

 

Ultrawirówka analityczna wyposażona w trzy systemy detekcji:templates/nanofun/photo/Laboratoria/NanoFun_BiofizykaUW_028_scal.jpg

  • Absorpcja – w zakresie UV-VIS (190-800 nm)
  • Rozproszenie – 660 nm, dla próbek nie wykazujących absorpcji lub absorbujących zbyt mocno
  • Fluorescencja – 488 nm wzbudzenie, 505 nm obserwacja

Trzecia ultrawirówka analityczna w Polsce, pierwsza z detekcja fluorescencyjną

 

 

Badania właściwości hydrodynamicznych i termodynamicznych makromolekuł w roztworze w wybranym środowisku:templates/nanofun/photo/Laboratoria/NanoFun_BiofizykaUW_086_scal.jpg

  • Masa
  • Kształt
  • Oddziaływania międzycząsteczkowe
    Białko-białko
    Białko-DNA
    Białko-ligand (jeśli ligand odpowiednio masywny)
  • Agregacja
     

Dwa typy eksperymentów:

  • Szybkość sedymentacji – trwają rzędu kilku godzin (tym dłużej im mniejszy obiekt wirujemy)
  • Równowaga sedymentacji – do kilku dnitemplates/nanofun/photo/Laboratoria/NanoFun_BiofizykaUW_067_scal.jpgtemplates/nanofun/photo/Laboratoria/NanoFun_BiofizykaUW_038_scal.jpg

Możliwa temperatura w zakresie 0-35 stopni C


Wymagane objętości 

  • Szybkość sedymentacji 
    – 0.45 ml w kuwetach o drodze optycznej 1.2 cm
    – 0.12 ml w kuwetach o drodze optycznej 0.3 cm
  • Równowaga sedymentacji 
    – 0.12 ml kuwetach o drodze optycznej 1.2 cm

 

Wymagane stężenia

  • Absorpcja – w zakresie 0.1 – 3 A przy wybranej drodze optycznej (0.3 cm lub 1.2 cm)(do 3 A lub mniejszych absorbancji, jeśli poniżej 3 A przestaje być spełnione prawo Lamberta-Bera)
  • Rozproszenie – dla stężonych próbek nie wykazujących absorpcji w UV/VIS (do 4-5 mg/ml) lub absorbujących powyżej 3 A
  • Fluorescencja – jak w standardowym eksperymencie, przy drodze optycznej 1.2 cm


Publikacje, które ukazały się w oparciu o wyniki uzyskane w Laboratorium Ultrawirowania Analitycznego:

  1. Joanna Krajewska, Anna Modrak-Wójcik, Zbigniew J. Arent, Daniel Więckowski, Michal Zolkiewski, Agnieszka Bzowska, Sabina Kędzierska-Mieszkowska, Characterization of the molecular chaperone ClpB from the pathogenic spirochaete Leptospira interrogans, PLOS ONE 12(7): e0181118. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0181118.
  2. Huaying Zhao, Rodolfo Ghirlando, Carlos Alfonso, Fumio Arisaka, Ilan Attali, David L. Bain, Marina M. Bakhtina, Donald F. Becker, Gregory J. Bedwell, Ahmet Bekdemir, Tabot M. D. Besong, Catherine Birck, Chad A. Brautigam, William Brennerman, Olwyn Byron, Agnieszka Bzowska, Jonathan B. Chaires, Catherine T. Chaton,
    Helmut Cölfen, Keith D. Connaghan, Kimberly A. Crowley, Ute Curth, Tina Daviter, William L. Dean, Ana I. Díez, Christine Ebel, Debra M. Eckert, Leslie E. Eisele, Edward Eisenstein, Patrick England, Carlos Escalante, Jeffrey A. Fagan, Robert Fairman, Ron M. Finn, Wolfgang Fischle, José García de la Torre, Jayesh Gor, Henning Gustafsson, Damien Hall, Stephen E. Harding, José G. Hernández Cifre, Andrew B. Herr, Elizabeth E. Howell, Richard S. Isaac, Shu-Chuan Jao, Davis Jose, Soon-Jong Kim, Bashkim Kokona, Jack A. Kornblatt, Dalibor Kosek, Elena Krayukhina, Daniel Krzizike, Eric A. Kusznir, Hyewon Kwon, Adam Larson, Thomas M. Laue, Aline Le Roy, Andrew P. Leech, Hauke Lilie, Karolin Luger, Juan R. Luque-Ortega, Jia Ma, Carrie A. May, Ernest L. Maynard, Anna Modrak-Wojcik, Yee-Foong Mok, Norbert Mücke, Luitgard Nagel-Steger, Geeta J. Narlikar, Masanori Noda, Amanda Nourse, Tomas Obsil, Chad K. Park, Jin-Ku Park, Peter D. Pawelek, Erby E. Perdue, Stephen J. Perkins, Matthew A. Perugini, Craig L. Peterson, Martin G. Peverelli, Grzegorz Piszczek, Gali Prag, Peter E. Prevelige, Bertrand D. E. Raynal, Lenka Rezabkova, Klaus Richter, Alison E. Ringel, Rose Rosenberg, Arthur J. Rowe, Arne C. Rufer, David J. Scott, Javier G. Seravalli, Alexandra S. Solovyova, Renjie Song, David Staunton, Caitlin Stoddard, Katherine Stott, Holger M. Strauss, Werner W. Streicher, John P. Sumida, Sarah G. Swygert, Roman H. Szczepanowski, Ingrid Tessmer, Ronald T. Toth, IV, Ashutosh Tripathy, Susumu Uchiyama, Stephan F. W. Uebel, Satoru Unzai, Anna Vitlin Gruber, Peter H. von Hippel, Christine Wandrey, Szu-Huan Wang, Steven E. Weitzel, Beata Wielgus-Kutrowska, Cynthia Wolberger, Martin Wolff, Edward Wright, Yu-Sung Wu, Jacinta M. Wubben, Peter Schuck, A Multilaboratory Comparison of Calibration Accuracy and the Performance of External References in Analytical Ultracentrifugation, (2015) PloS One 10, e0126420. link
  3. Beata Wielgus-Kutrowska, Anna Modrak-Wójcik, Alicja Dyzma, Katarzyna Breer, Michal Zolkiewski. Agnieszka Bzowska, Purine nucleoside phosphorylase activity decline is linked to the decay of the trimeric form of the enzyme, (2014) Archives of Biochemistry and Biophysics 549, 40-48, link
  4. Hou S, Trochimczyk P, Sun L, Wisniewska A, Kalwarczyk T, Zhang X, Wielgus-Kutrowska B, Bzowska A, Holyst R., How can macromolecular crowding inhibit biological reactions? The enhanced formation of DNA nanoparticles. Sci Rep. 2016. link
  5. B. Bertosa, G. Mikleusevic, B. Wielgus-Kutrowska, M. Narczyk, M. Hajnic, I. Leščić Ašler, S. Tomić, M. Luić, A. Bzowska, Homooligomerization is needed for stability: a molecular modelling and solution study of E. coli purine nucleoside phosphorylase. FEBS J, 2014. link
  6. Anna Modrak-Wójcik, Michał Górka, Katarzyna Niedźwiecka, Konrad Zdanowski, Joanna Żuberek, Anna Niedźwiecka and Ryszard Stolarski, Eukaryotic translation initiation is controlled by cooperativity effects within ternary complexes of 4E-BP1, eIF4E, and the mRNA 5′ cap, FEBS Letters, 2013. link

 

Prace magisterskie i licencjackie powstałe z wykorzystaniem sprzętu zakupionego w ramach projektu NanoFun:

  1. Aleksandra Dawidziak, praca magisterska (lipiec 2017) - "Badanie fałdowania i agregacji białka EGFP (enhanced green fluorescent protein) w funkcji stężenia chlorowodorku guanidyny metodą szybkości sedymentacji". Opiekun naukowy: Beata Wielgus-Kutrowska.
  2. Aleksandra Dawidziak, praca licencjacka (lipiec 2015) - "Zastosowanie metody ultrawirowania analitycznego z detekcją fluorescencyjną i absorpcyjną do badania agregacji mutanta białka zielonej fluorescencji - EGFP". Opiekun naukowy: Beata Wielgus-Kutrowsk.
  3. Justyna Kosińska, praca licencjacka (obroniona w czerwcu 2014 r.) – "Uzyskanie i określenie własności spektroskopowych wybranego mutanta zielono fluoryzującego białka GFP". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Beaty Wielgus-Kutrowskiej.
  4. Anna Szymaniec, praca licencjacka (obroniona w czerwcu 2014 r.) – "Spektroskopowe badania agregacji wybranego mutanta zielono fluoryzującego białka GFP". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Beaty Wielgus-Kutrowskiej.
  5. Kinga Szarpak, praca licencjacka (obroniona w grudniu 2013 r.) – "Spektroskopowe badania oddziaływania czynnika inicjacji translacji z inhibitorowym białkiem 4EBP oraz wybranym analogiem kapu". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Anny Modrak-Wójcik.
  6. Gabriela Golba, praca licencjacka (obroniona w czerwcu 2013 r.) - "Badanie mechanizmu agregacji zielono fluoryzującego białka GFP". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Beaty Wielgus-Kutrowskiej.
  7. Agata Malinowska, praca licencjacka (obroniona w lipcu 2013 r.) – "Charakterystyka stanu oligomeryzacji, struktury dwurzędowej oraz właściwości spektroskopowych (fluorescencja, rozpraszanie światła) cielęcej fosforylazy nukleozydów purynowych w trakcie inaktywacji białka". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr hab. Agnieszki Bzowskiej.
  8. Małgorzata Piątkowska, praca magisterska (obroniona w marcu 2013 r.) – "Znaczenie możliwości utworzenia funkcjonalnego chromofora dla wydajności zwijania mutantów białka GFP". Praca wykonana pod kierunkiem naukowym dr Beaty Wielgus-Kutrowskiej.

 


Kontakt:
Agnieszka Bzowska, abzowska@biogeo.uw.edu.pl, tel. 22 554 0789
Anna Modrak-Wójcik, ankam@biogeo.uw.edu.pl, tel. 22 554 0779
Beata Wielgus-Kutrowska, beata@biogeo.uw.edu.pl, tel. 22 554 0789

Zakład Biofizyki, Wydział Fizyki, Uniwersytet Warszawski
Żwirki i Wigury 93
02-089 Warszawa

Wróć