Środowiskowe Laboratorium Analizy Genomu

W ramach projektu NanoFun,  Laboratorium Analizy Genomu w Instytucie Biologii Molekularnej Wydziału Biologii UAM zostało wyposażone w aparaty HiScanSQ oraz MiSeq (Illumina) umożliwiające wykonywanie całogenomowych doświadczeń w oparciu o sekwencjonowanie nowej generacji  oraz technologie macierzowe.

Obecnie zakończono fazę szkoleń oraz próbnych doświadczeń i w laboratorium dostępne następujące aplikacje:

• Sekwencjonowanie mikroRNA;
• Badanie ekspresji genów metodą hybrydyzacyjną (macierze ekspresyjne);
• Genotypowanie polimorfizmów metodą GoldenGate Genotyping,
• Całogenomowa analiza polimorfizmów (SNP, CNV) metodą Infinium;
• Sekwencjonowanie DNA (de novo, resekwencjonowanie, sekwencjonowanie amplikonów, egzonów, panele TruSight);
• Sekwencjonowanie RNA;
•  ChIPseq.

Oferujemy pomoc w projektowaniu doświadczeń i analizie danych.

O wprowadzaniu kolejnych aplikacji będziemy informować Państwa na bieżąco.

W przypadku dodatkowych pytań prosimy o kontakt: j.wesoly@amu.edu.pl

Zapraszamy do współpracy.

Publikacje:

1. E. Zodro, M. Jaroszewski, A. Ida, T. Wrzesiński, Z. Kwia, H. Bluyssen, J. Wesoly, "FUT11 as a potential biomarker of clear cell renal cell carcinoma progression based on meta-analysis of gene expression data",  Tumour Biolology, 2013. link
2. Sylwia Alaba, Pawel Piszczalka, Halina Pietrykowska, Andrzej M. Pacak, Izabela Sierocka, Przemyslaw W. Nuc, Kashmir Singh, Patrycja Plewka, Aleksandra Sulkowska, Artur Jarmolowski, Wojciech M. Karlowski and Zofia Szweykowska-Kulinska, "The liverwort Pellia endiviifolia shares microtranscriptomic traits that are common to green algae and land plants", New Phtologist, 2014. link
3. T .Wrzesiński, M. Szelag, W. A. Cieślikowski, A. Ida, R. Giles, E. Zodro, J. Szumska, J. Poźniak, Z. Kwias, H. A. Bluyssen, J. Wesoły,"Expression of pre-selected TMEMs with predicted ER localization as potential classifiers of ccRCC tumors", BMC Cancer, 2015. link